Во всех приведенных рассуждениях принималось, что сырая вода содержит только минеральные вещества. В действительности все природные воды содержат в различных количествах органические вещества, которые в зависимости от их природы в различной степени реагируют с ионообменными материалами. Некоторые проходят через иониты без изменений, другие обратимо фиксируются смолой и удаляются при регенерации, в то время как третьи фиксируются необратимо и имеют тенденцию отравлять смолы. Последний недостаток особенно присущ сильноосновным анионитам; катиониты фактически не подвержены этому влиянию, слабооснбвные аниониты фиксируют такие вещества с той или иной степенью обратимости.
В большинстве случаев описанные выше системы дают в промышленных условиях удовлетворительные результаты, если ионообменные материалы подобраны правильно. Однако результаты, полученные на обычных схемах, не всегда удовлетворительны, особенно в случае, когда сырая вода содержит органические вещества гумусового происхождения. При очистке таких вод могут быть применены высокопористые и адсорбционные аниониты с целью доочистки в конце обычных схем или в начале для защиты ионообменных материалов. В последнем случае органические вещества фиксируются непосредственно смолой и затем удаляются обработкой хлористым натрием или каустической содой.
Для очистки поверхностных вод, конечно, желательно иметь перед обессоливающей установкой хорошо отлаженную систему предварительной очистки коагуляцией, осветлением и фильтрованием, которая часто позволяет снизить концентрацию растворенных и коллоидных органических веществ на 50—90%.
Прекрасные результаты получены для гуминовых кислот путем пропускания воды через тонкий порошкообразный активный уголь, используемый в виде намывного слоя в патронных фильтрах после обработки воды коагуляцией и фильтрованием.