Защита от холода
Биофильтры с пластмассовой загрузкой ведут себя подобно градирням, температура в которых заметно падает, в особенности зимой. К тому же активность микроорганизмов в биофильтре оказывается более подверженной действию холода, чем биомасса в аэротенках. Это происходит из-за высоких скоростей протекания жидкости в биофильтрах. В условиях холодного климата потери тепла в биофильтрах предпочтительно ограничить устройством двойных стенок и крыши при контроле вентиляции и т. п.
Защита окружающей среды
При обработке некоторых стоков (от пивоваренных, винокуренных заводов и т. д.) в биофильтрах иногда образуются газы с относительно интенсивными запахами. Может оказаться необходимым закрыть фильтр и дезодорировать его продувкой воздухом. Постоянную серьезную проблему могут представлять мушки (Psychoda), развивающиеся на фильтре (безотносительно к материалу загрузки — летом). Чтобы исключить это заражение, которое затрагивает поверхность фильтра, важно обеспечивать постоянное орошение всей поверхности.